Joseph Hubertus Pilates, 1880’li yıllarda Almanya’da doğdu. Çocukluğunda ateşli romatizma, astım, raşitizm geçirdi ve solunum sistemi problemi vardı. Kendi sağlık durumunu iyileştirmek için vücut ve zihnini kuvvetlendirici bir yol izlemeye başladı. Bu hedefine ulaşmaya çalışırken yoga ve zen meditasyonunu keşfederek eskrim, boks, güreş ve cimnastik ile uğraştı. 20.yüzyıla girerken Almanya bu keşifler için uygun tüm olanaklara sahipti; birçok fizyolog, dansçı ve hareket bilimci burada çalışmalarını devam ettiriyordu. 1.Dünya Savaşı başladığı sıralarda Joe boksör olarak İngiltere’deydi. Savaş esnasında Lanchester yakınlarında bir enterne kampında gözaltına alındı ve savaş süresince burada tutuldu. Kampta olduğu sürece sürgün edilen kişilere hergün egzersiz yaptırdı. Joe’nun söylediğine göre 1918-1919 yılları arasındaki grip salgınında onun egzersiz programına katılıp, rejim programını takip edenlerin hiçbiri bu salgından etkilenmedi. Joe’nun bu başarısını fark eden kamp sorumlusu onu Isle Of Man’deki hastaneye atadı. Sorumlu olduğu 30 hastaya hergün egzersiz yaptırdı. O dönemler batı tıbbının yeni başladığı zamanlardı; morfin ve ameliyat dışında hastalara uygulanabilecek tedavi yöntemi neredeyse yok gibiydi.

Joe’nun egzersiz programına katılan hastalar kısa sürede iyileşme göstermeye başladılar ve birçok kişinin ölümüne sebep olan salgın hastalıkların hiçbirine yakalanmadılar. Düzenli çalışma sonucunda Joe ilk egzersiz aletini oluşturdu; 30 hasta ile hergün çalışmak zordu ve bunun üzerine Joe hasta yataklarına yaylar takarak ilk cadiilac’ı oluşturdu. Böylece hastaları Joe’nun gözetiminde kendi kendilerine egzersiz yapmaya başladılar. Kamp sonrası Almanya’ya geri dönen Joe, nazi polis kuvvetini çalıştırmaya başladı. Ancak Nazilerle çalışmaktan hoşnut olmayan Joe deniz yoluyla ABD’ye gitmeye karar verdi ve bu yolculuğu esnasında da eşi Clara ile tanıştı. Clara hemşireydi ve Joe için doğru partnerdi; çünkü hergün stüdyoda Joe ile birlikte çalışan Clara onun çalıştırmak istemediği kişilerle ilgilenerek ona çok yardımcı oluyordu.

1926’da New York’a taşınan Joe ve Clara 8. caddede New York City Ballet ile aynı binada bir daire kiralayarak ilk pilates stüdyosunu açtılar ve burada Joe’nun Kontroloji adını verdiği metodunu uygulamaya başladılar. Joe hayatı boyunca hastalarıyla ilgilendi ama en büyük etkiyi dans komitesinde çalışan Ted Shawn, Ruth St. Denis, George Balanchine ve daha birçok sakatlık geçiren dansçıyı iyileştirerek yarattı. Joe sürekli yeni egzeresiz aletleri üretmeye çalışajn bir mucitti. Reformer, Wunda Chair, Cadillac, Ladder Barrel, Spine Corrector ve daha birçok mükemmel ekipman dizayn etti. Kendi için dizayn ettiği bu ekipmanları daha sonra hastalarına göre modifiye etti. Joe’nun ilk yapmış olduğu ekipmanların birçoğu şu anda hala çalışabilir durumdadır. Zihin ve beden bütünlüğünü öngeren metodunun askeri eğitimlerden ilkokullara çok geniş bir yelpazede tanınmasını isteyen Joe bunu başardı.